Unter dem klösterlichen Hirtenstab ließ es sich für die Kurzenaltheimer zwar ganz gut leben, doch das Dörflein geriet auch immer wieder in Not. Im langsam ausklingenden Mittelalter war "Altheim, ain dorff und mül" in einer Auseinandersetzung zwischen dem Bayernherzog und dem Burggrafen von Nürnberg niedergebrannt worden. Der Dreißigjährige Krieg (1618-1648) zog Kurzenaltheim ebenso in Mitleidenschaft wie die Menschen in anderen Orten.

Der auch als "Obernaltheim" bezeichnete Ort gehörte in alter Zeit kirchlich zur Mutterpfarrei Meinheim, doch bereits im Mittelalter stand hier eine Nebenkirche, die der Heiligen Margaretha geweiht war. Die geistliche Nähe zu Meinheim, wo zeitweise der Schellenbuck kirchlich an Kurzenaltheim angeschlossen war, führte dazu, dass die Reformation im Ort Fuß fasste.

1713 wurden die 33 Untertanen des Verwalteramtes Solnhofen dem Kastenamt Hohentrüdingen zugeordnet. Im Rahmen der Umwälzungen der Napoleon-Zeit ging der Ort 1806 über Ansbach und Preußen an Bayern. 1810 wurde Kurzenaltheim (und auch Wolfsbronn) mit Meinheim vereinigt, 1818 aber wieder getrennt.